| 1. | Karlsruhe | 41 | 79 |
| 2. | Bielefeld | 27 | 76 |
| 3. | VfL | 29 | 73 |
| 4. | Münster | 30 | 72 |
| 5. | Heidenheim | 22 | 72 |
| 6. | Chemnitz | 9 | 55 |
| 7. | Burghausen | 0 | 51 |
| 8. | Wehen | -1 | 51 |
| 9. | Unterhaching | -7 | 51 |
| 10. | Halle | -13 | 46 |
| 11. | Saarbrücken | -10 | 45 |
| 12. | Offenbach | -3 | 44 |
| 13. | Rostock | -11 | 44 |
| 14. | Erfurt | -14 | 44 |
| 15. | Stuttgart II | -7 | 43 |
| 16. | BVB II | -19 | 41 |
| 17. | Stuttgarter Kickers | -9 | 40 |
| 18. | Darmstadt | -14 | 38 |
| 19. | Babelsberg | -22 | 37 |
| 20. | Aachen | -28 | 31 |
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Hinweise
*
* Nach Abschluss der Saison werden Alemannia Aachen und den Offenbacher Kickers jeweils zwei Punkte wegen Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens für die Saison 2012/13 abgezogen.