| 1. | Karlsruhe | 38 | 76 |
| 2. | Bielefeld | 28 | 76 |
| 3. | Heidenheim | 22 | 71 |
| 4. | VfL | 25 | 70 |
| 5. | Münster | 27 | 69 |
| 6. | Chemnitz | 4 | 52 |
| 7. | Wehen | 2 | 51 |
| 8. | Unterhaching | -2 | 51 |
| 9. | Burghausen | -1 | 48 |
| 10. | Saarbrücken | -9 | 45 |
| 11. | Offenbach | -3 | 43 |
| 12. | Stuttgart II | -6 | 43 |
| 13. | Rostock | -11 | 43 |
| 14. | Erfurt | -14 | 43 |
| 15. | Halle | -14 | 43 |
| 16. | Stuttgarter Kickers | -9 | 39 |
| 17. | BVB II | -20 | 38 |
| 18. | Darmstadt | -14 | 37 |
| 19. | Babelsberg | -19 | 37 |
| 20. | Aachen | -24 | 31 |
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Hinweise
*
* Nach Abschluss der Saison werden Alemannia Aachen und den Offenbacher Kickers jeweils zwei Punkte wegen Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens für die Saison 2012/13 abgezogen.